Le processus de négociations qui s’est ensuivi a été marqué par des demandes et des approches très variées par rapport aux règles de base de la mise en œuvre.  À plusieurs reprises, l’Union européenne (UE) s’est élevée contre le « regroupement » comprenant le Canada, le Japon, l’Australie, la Norvège et, jusqu’au début de 2001, les États-Unis.  À la CdP6, qui a eu lieu en novembre 2000 à La Haye, les différends au sujet de certaines questions clés n’ont pu être résolus.  Ces questions comprenaient entre autres le traitement des « puits de carbone », les règles régissant l’échange international des crédits d’émissions et les meilleures façons d’apporter de l’aide aux pays en développement pour lutter contre le changement climatique.  Les pourparlers se sont soldés par un échec, mettant en jeu la survie du Protocole de Kyoto.  Lorsque les États-Unis ont annoncé en mars 2001 qu’ils retiraient leur appui au Protocole, la situation semblait sans issue.  Ne voulant pas que le Protocole reste lettre morte, les pays qui participaient toujours au processus se sont entendus pour que les négociations se « poursuivent » à Bonn, Allemagne, en juillet 2001.  Cette fois, des compromis ont été faits et le débat s’est avéré un succès, une entente politique ayant été conclue au sujet des règles de base de la mise en œuvre du Protocole.

Les parties au Protocole de Kyoto ont également convenu de mettre en place un système d’échange des crédits d’émissions entre les pays développés.  Dans le cadre d’un tel système, un pays dont les réductions d’émissions sont supérieures à l’objectif établi se verra accorder un crédit pour ces réductions supplémentaires.   Il pourra alors vendre ces crédits à un autre pays qui n’a pas atteint son objectif et qui a besoin de ces crédits pour y arriver.  Avant la rencontre de Bonn, l’UE avait insisté pour que l’on fixe un plafond à la mesure dans laquelle un pays peut utiliser l’échange de crédits afin de répondre à son engagement à réduire ses émissions.  L’UE a fait un compromis, en acceptant de retirer cette exigence.

Pour le Canada, l’accord le plus significatif conclu à Bonn a trait au traitement des puits de carbone, en particulier les forêts et les terres agricoles.  L’article 3.3 du Protocole de Kyoto n’accorde des crédits que pour une gamme limitée de pratiques forestières et agricoles.  Par exemple, il spécifie que les crédits seront accordés uniquement pour le boisement et la reforestation (qui consiste à planter des arbres là où il n’y a pas de forêts).  Également, des débits seront enregistrés lorsque des arbres sont coupés et que le terrain déboisé est utilisé à d’autres fins (routes, habitations, etc.)  Cet article n’aborde pas l’exploitation et la replantation des forêts, ni les perturbations comme les incendies de forêts.  Toutefois, l’article 3.4 du Protocole permet l’ajout éventuel d’activités forestières et agricoles.  L’application de cet article s’est retrouvée au cœur des débats entre les divers pays industrialisés.  À Bonn, le Canada a obtenu que l’on élargisse les concepts d’« aménagement forestier », d’« aménagement des terres cultivables », d’« aménagement des pâturages » et de « revégétation » acceptés à titre d’activités admissibles de réduction du carbone.  Même si une limite a été établie relativement aux crédits d’émissions qu’un pays peut réclamer grâce aux puits de carbone, le Canada s’est vu attribuer un quota annuel généreux de 12 millions de tonnes (Mt) de CO₂.  Seuls la Russie (17,6 Mt) et le Japon (13 Mt) ont obtenu des quotas plus élevés.  En outre, les crédits accordés pour les puits peuvent maintenant être obtenus par l’entremise d’activités réalisées dans le cadre du MDP et de l’AC, comme la plantation d’arbres dans un pays en développement, et ce, jusqu’à concurrence de 5 p. 100 des émissions de l’année de référence.  Certains observateurs estiment que dans le cadre de l’accord de Bonn, le Canada sera en mesure d’atteindre de 25 à 30 p. 100 de son objectif uniquement grâce aux puits de carbone.